Căn cứ vào các sách sử của Việt Nam và Trung Hoa, một số nhà nghiên cứu cho rằng quá trình truyền bá Cơ-đốc Giáo đến Việt Nam có thể chia làm hai giai đoạn chính. Giai đoạn đầu từ những thế kỷ đầu của công nguyên đến cuối thế kỷ 15, và giai đoạn thứ II, từ đầu thế kỷ thứ 16 trở về sau.
Theo Pedro Ordonez de Cevallos, một Linh Mục Tây Ban Nha, Sứ Đồ Thô-ma là người đầu tiên truyền bá đạo Chúa đến Việt Nam. Cũng theo Linh Mục Cevallos, khi ấy Sứ Đồ Thô-ma đã làm chứng cho một vị vua Việt Nam tiếp nhận Chúa.
Linh Mục Ordonez de Cevallos là một trong những giáo sĩ đầu tiên đến Việt Nam truyền giáo vào năm 1590. Ông là một người có uy tín và được ơn Chúa. Ông đã làm phép báp-têm cho Công Chúa Mai Hoa dưới thời nhà Lê tin Chúa. Tuy nhiên, ý kiến của Linh Mục Cevallos cho rằng Sứ Đồ Thô-ma đã đến truyền giảng tại Việt Nam vào thế kỷ thứ I khiến nhiều nhà nghiên cứu đặt nghi vấn vì nhận định này không có sử liệu minh chứng.
Theo sách Ngoại Kỷ, suốt thế kỷ thứ I, Việt Nam chỉ độc lập khoảng 3 năm dưới thời Hai Bà Trưng (40-43 S.C.). Trước khi Hai Bà Trưng giành độc lập, nước Việt - khi ấy gọi là Giao Chỉ - bị sáp nhập vào Tây Hán (Bái Công) 149 năm. Sau khi Hai Bà Trưng mất, Việt Nam bị nhập về Đông Hán (Quang Võ) 144 năm. Như vậy, nếu lời Linh Mục Cevallos là đúng, Sứ Đồ Thô-ma phải đến Việt Nam vào khoảng năm 40-43 S.C., và hai Bà Trưng, vua Việt Nam vào thế kỷ thứ I, đã tin Chúa. Tuy nhiên, trong những sử sách Việt Nam còn tồn tại đến ngày nay, không một tài liệu nào ghi lại việc ấy.
Hơn nữa, về phương diện lịch sử Hội Thánh, giả thuyết này cũng khó được chấp nhận. Nếu những nhà làm lịch tính đúng, Hội Thánh được thành lập vào khoảng năm 33 S.C.. Nhưng chúng ta biết, trong vài năm đầu Hội Thánh chỉ phát triển tại Giê-ru-sa-lem. Khi những cơn bắt bớ đầu tiên xảy ra, Hội Thánh mới phát triển sang vùng Giu-đê và Sa-ma-ri. Nếu chỉ vài năm sau đó, các đầy tớ Chúa đã vượt gần nửa vòng trái đất để truyền bá đạo Chúa đến Việt Nam thì có lẽ hơi quá sớm.
Phạm Văn Sơn, tác giả Việt Sử Tân Biên, do nhà xuất bản Đại Nam phát hành tại Sài Gòn vào năm 1961, trích dẫn ý kiến của một số nhà nghiên cứu cho rằng thời điểm đầu tiên mà Cơ-đốc Giáo được truyền đến Việt Nam có lẽ vào thời Sĩ Nhiếp làm Thái Thú tại Việt Nam (186-226 S.C.). Các học giả này cho rằng Sĩ Nhiếp đã tin Chúa và ông chính là người đã cho làm nhiều nhà thờ có hình Chúa Giê-xu và thập tự giá. Những di tích này được tìm thấy vào thế kỷ 16 dưới thời Hậu Lê.
Linh Mục Nguyễn Hồng trong cuốn Lịch Sử Truyền Giáo Việt Nam xuất bản vào năm 1959, cho biết một số thương buôn Âu châu đã đến Việt Nam từ thế kỷ thứ II. Sử Trung Hoa ghi lại rằng vào năm 166, có một sứ giả do Marcol Aurelio Antonio sai đến Trung Quốc cho biết ông đã ghé qua Giao Chỉ. Năm 266, một thương nhân tên là Tsin Lonen theo đường từ Giao Chỉ lên Nam Kinh. Vào năm 980, một số Giáo Sĩ thuộc phái Cảnh Giáo (Nestoriens) đã từ Bắc Việt đến Trung Quốc.
Để minh chứng cho giả thuyết đạo Chúa được truyền đến Việt Nam từ lâu, các sử gia cho biết vào thời vua Lê Anh Tông (1557-1573), khi sửa chữa lại một vài đền cổ, người ta tìm thấy hình một Thập Tự rất cổ trong một bức tường. Khi được trình tâu việc này, vua Lê Anh Tông đã cho trọng đãi các nhà truyền giáo Tây Phương, nhờ đó việc truyền giáo trước kia vốn bị cấm nay được dễ dãi hơn.
Dựa vào những tài liệu trên, một số sử gia cho rằng Cơ-đốc giáo đã được truyền bá đến Việt Nam khá lâu, từ trước thời kỳ Cải Chánh Giáo Hội. Công cuộc truyền giáo có thể khởi đầu từ những thế kỷ đầu tiên của công nguyên. Sau đó, Cơ-đốc Giáo bị cấm đoán và bị tiêu diệt mãi cho đến đầu thế kỷ 16 mới phát triển trở lại.
Tuy nhiên, công cuộc truyền giáo vào Việt Nam được biết rõ và được sử sách ghi nhận chính thức chỉ bắt đầu từ thế kỷ 16. Sách Khâm Đình Việt Sử, thời Nguyễn, do Quốc Sử Quán biên soạn, ghi lại rằng:
"Nguyên hòa nguyên niên đời vua Lê Trang Tông (1532-1533) có một thương nhân (người Tây Phương) tên là I-nê-khu đi đường biển lén vào giảng đạo Gia-tô ở làng Ninh Cường, Quần Anh thuộc huyện Nam Chân (tức Nam Trực) và ở làng Trà Lũ, huyện Giao Thủy thuộc tỉnh Nam Định..."
Khi ấy, vua Lê Trang Tông đã ra lệnh cấm đạo nghiêm nhặt. Các tín hữu bị bắt bớ. Việc truyền giáo chỉ được dễ dàng một chút về sau vào thời vua Lê Anh Tông như đã nhắc ở trên.
Vào thế kỷ 16, lãnh thổ Việt Nam chỉ gồm có miền Bắc và vài tỉnh miền Trung ngày nay, tuy nhiên nước Việt đã có mầm mống chia đôi. Sau khi Lê Cung Hoàng bị Mạc Đăng Dung cướp ngôi (1546), một triều thần nhà Lê là Nguyễn Kim đã cùng con rể là Trịnh Kiểm đánh đuổi nhà Mạc, tái lập nhà Lê, gọi là Lê Trung Hưng tức Nam Triều. Tuy nhiên, nhà Mạc (Bắc Triều) vẫn còn chiếm giữ nhiều vùng đất phía Bắc và tìm cách khôi phục quyền hành.
Mạc Mậu Hợp (1562-1592), muốn khôi phục lại nhà Mạc và mưu tìm sự hậu thuẫn của Tây Phương nên đã viết thư sang Manila (Philippines) mời các Linh Mục sang truyền giáo tại Việt Nam.
Sau khi nhận được thư của Mạc Mậu Hợp, năm 1578 các tu sĩ dòng Franciscan từ Philippines đến Việt Nam truyền bá Công giáo. Đến năm 1615, các tu sĩ Jesuit - Dòng Tên - lại tiếp bước các tu sĩ dòng Franciscan đến Việt Nam. Sau khi thắng nhà Mạc, hai họ Trịnh Nguyễn phân tranh và nước Việt Nam bị chia đôi. Giữa bối cảnh ấy, công việc truyền giáo tại Việt Nam trong thời kỳ đầu vẫn có nhiều kết quả khả quan. Theo sử sách, đến năm 1639, tại Đàng Ngoài (miền Bắc) đã có 80.000 tín đồ và tại Đàng Trong (miền Trung) có 50.000 tín đồ Công Giáo.
Trong hai thế kỷ tiếp theo, tín đồ Công Giáo tại Việt Nam bị bắt bớ dữ dội. Đến đời vua Tự Đức, ước tính có đến 130.000 giáo hữu Việt Nam tử vì đạo.
Trong hai thế kỷ tiếp theo, tín đồ Công Giáo tại Việt Nam bị bắt bớ dữ dội. Đến đời vua Tự Đức, ước tính có đến 130.000 giáo hữu Việt Nam tử vì đạo.
Người viết: Cố Mục Sư Lê Hoàng Phu